Министр образования и религиозных дел Греции отверг запрос "Греческой Церкви сайентологии" о даровании ей разрешения на открытие молитвенного дома, сославшись на то, что сайентология не является церковью (решение № А3-88/17.10.2000). Решение министра основано на целом ряде иностранных документов и выводов, равно как и на решениях Афинского суда первой инстанции (№ 7380/1996) и Афинского апелляционного суда, на основании которых за целый ряд незаконных действий был закрыт Греческий центр прикладной философии - прежнее название сайентологической организации в Греции.

В последнем решении в числе прочего говорится: "Это организация с тоталитарными структурами и тенденциями, которая… презирает человека, хотя и вводит людей в заблуждение, говоря о свободе, в первую очередь, чтобы привлекать новых членов, подвергая их… промыванию мозгов для контроля их сознания… и которая уже много лет занимается незаконным извлечением прибыли…" (Решение Афинского апелляционного суда, 1997).

Сайентологи подали апелляцию в Государственный Совет (Верховный суд Греции), требуя отмены решения министра. Афинская архиепископия (Элладская Православная Церковь) заявила, что примет участие в этом судебном процессе на стороне противников сайентологии. Услышав об этом, сайентологи отозвали свою апелляцию, не дождавшись первого судебного слушания, назначенного на 6 декабря 2002 г. Таким образом, решение греческого государства приняло постоянный и необратимый характер.

На предварительных слушаниях на большом обилии фактического материала было доказано, что сайентология не является религией и не признается таковой в большинстве стран, в том числе в США, Великобритании, Франции и Германии. Также было доказано, что сайентология часто развивала незаконную деятельность в тех странах, где она действует, и следовательно, причисляется к опасным и антиобщественным организациям.

Очевидно, что вмешательство Элладской Православной Церкви в судебный процесс на стороне министра образования и религиозных дел было чрезвычайно важным для исхода суда моментом. Церковь внесла свой весомый вклад в рассмотрение этого исторического прецедентного дела, предоставив Верховному суду Греции ценные для объективного решения факты.